基本給に通勤手当を含めている場合、通勤手当相当分を非課税とすることができるか？

基本給に通勤手当を含めて支給している場合には、通勤手当を非課税にすることはできません。

通勤手当の非課税とするには、基本給と別に通勤手当を定めなければなりません。

通勤手当の非課税規定は、「通勤のために支出する費用に充てるものとして通常の給与に加算して受ける通勤手当のうち、一般の通勤者につき通常必要であると認められる部分」について適用があります。

「通常の給与に加算」せず、給与に含めて支給している通勤費は、通勤手当の区分がないことになりますので、非課税とすることはできないことになります。

年俸制に通勤費を含めている場合も同様です。