通勤手当は実費精算的なものであることから、所得税では通勤手当のうち、通常必要と認められる一定限度額までは非課税（税金がかからない）とされています。

非課税とされる額とは、

１．交通機関又は有料道路を利用している人

１０万円まで

２．交通機関を利用する人の通勤定期券

１０万円まで

３．自動車・自転車などの利用者

・通勤距離が片道４５ｋｍ以上は、２４，５００円まで（運賃相当額が２４，５００円を超える場合は、その運賃相当額。ただし、１０万円まで）

・通勤距離が片道３５ｋｍ以上４５ｋｍ未満の場合は、２０，９００円まで（運賃相当額が２０，９００円を超える場合は、その運賃相当額。ただし、１０万円まで）

・通勤距離が片道２５ｋｍ以上３５ｋｍ未満の場合は、１６，１００円まで（運賃相当額が１６，１００円を超える場合は、その運賃相当額。ただし、１０万円まで）

・通勤距離が片道１５ｋｍ以上２５ｋｍ未満の場合は、１１，３００円まで（運賃相当額が１１，３００円を超える場合は、その運賃相当額。ただし、１０万円まで）

・通勤距離が片道１０ｋｍ以上１５ｋｍ未満の場合は、６，５００円まで

・通勤距離が片道２ｋｍ以上１０ｋｍ未満の場合は、４，１００円まで

・通勤距離が片道２ｋｍ未満の場合は、全額課税となります。（通勤手当を支払った場合は、その全額について所得税がかかります）

４．注意点

（１）新幹線利用による通勤も可ですが、グリーン料金は認められません。

（２）１０万円を超えるかどうかは、消費税等を含んだところで判定します。

（３）「運賃相当額」とは、自動車等を利用している人が交通機関を利用したときに負担することになる１ヶ月当たりの運賃をいいます。