振替休日と代休は、結果的には同じ労働日数と休日日数になりますが、給与計算上、明確な違いがありますので注意が必要です。

振替休日とは、あらかじめ振り替える日を特定して休日と労働日を入れ替えることをいいます。この場合、振り替えられた労働日（元の休日）に労働させても休日労働にはなりません。

一方、代休は、休日労働や長時間労働をさせた場合にその代償として他の労働日を休日とすることをいいます。この場合は、休日労働をさせた後にその代償として休日が与えられるわけですから休日労働をしたという事実には変わりありません。

振替休日と代休では、休日労働に対する割増賃金の支払義務に違いがあります。