本年10月の協会設立時の健康保険の保険料率は、9月30日までの政府管掌健康保険の保険料率（８．２％）が適用されます。

なお、協会設立後、1年以内に、都道府県毎に地域の医療費の反映した保険料率を設定することとなります。

都道府県単位の保険料率の場合、年齢構成の高い県ほど医療費が高く、保険料率が高くなったり、所得水準の低い県ほど同じ医療費でも保険料率が高くなることから、年齢構成や所得水準の違いは都道府県間で調整した上で、地域の医療費を反映した保険料率を設定することとなっています。

また、都道府県別保険料率への移行に当たり、保険料率が大幅に上昇する場合には激変緩和措置を講ずることとなっています。