基本給に通勤手当を含めている場合、通勤手当相当分を非課税とすることができるか？

一定限度額を超えた通勤手当には、所得税がかかります。

通勤手当は実費精算的なものであることから、所得税では通勤手当のうち、通常必要と認められる一定限度額までは非課税（税金がかからない）とされています。